Uit de nauwere samenwerking tussen de waterschappen en het Rijk vloeit een vernieuwende aansturing en besluitvorming voort. De hoofdlijn voor deze governance is dat de minister van Infrastructuur en Milieu verantwoordelijk is voor het programma en dat de beheerders verantwoordelijk zijn voor de projecten. Op programmaniveau ligt de focus op de doelmatigheid van het programma als geheel. De minister legt hierover verantwoording af aan de Tweede Kamer. Op projectniveau ligt de focus op de doelmatigheid van de individuele maatregelen. De portefeuillehouder van het waterschap legt hierover verantwoording af aan het algemeen bestuur.
Voor de inrichting van de governance is het IenM-model voor de beheersing van Grote Projecten van belang (Governancemodel Grote Projecten). Rekening houdend met de specifieke kenmerken van het Hoogwaterbeschermingsprogramma wordt dit model op essentiële onderdelen gehanteerd.
Stuurgroep
Het Hoogwaterbeschermingsprogramma wordt aangestuurd door een stuurgroep van het ministerie van Infrastructuur en Milieu (IenM) en de waterschappen. De politieke verantwoordelijkheid voor het programma ligt bij de minister van IenM die, gehoord hebbende de waterschappen, jaarlijks het programma vaststelt als onderdeel van het Deltaprogramma en daarmee de rijksbegroting.
De Stuurgroep Hoogwaterbeschermingsprogramma is verantwoordelijk voor de aansturing van het programma en de aansturing van de programmadirectie. De samenstelling van de stuurgroep is in lijn met de afspraken uit het Bestuursakkoord Water 50%-50% waterschappen-Rijk.
Het Rijk wordt zowel in de beleidsrol (directeur-generaal Ruimte en Water) als in de uitvoerende rol (directeur-generaal Rijkswaterstaat) op het hoogste ambtelijke niveau vertegenwoordigd. Binnen het Rijk fungeert de directeur-generaal Rijkswaterstaat als budgetverantwoordelijke en programmaregisseur. Voor de waterschappen geldt dat de portefeuillehouder Waterkeringen in het Uniebestuur en een dijkgraaf de waterschappen als collectief vertegenwoordigen.
Directeurenoverleg
Voor de uitvoering en doorontwikkeling van het programma treedt een gezamenlijk directeurenoverleg als adviseur van de stuurgroep op. Dit directeurenoverleg heeft ook de rol van het Programmabeheersingsoverleg (PBO), aansluitend op het Governancemodel Grote Projecten van IenM. Het directeurenoverleg heeft de bevoegdheid om beslissingen die gericht zijn op een doelmatige uitvoering, voor te bereiden en vast te stellen.
Afstemming
Voorbereidend op de stuurgroep wordt voor de afstemming van documenten met de afzonderlijke IenM- en waterschapskolommen aangesloten bij de structuur van de werkgroepen en commissies van de Unie van Waterschappen en bij de geëigende afstemming met de IenM-diensten.